Tsubomi è una ragazza che ama le piante e i fiori. Un giorno ha uno strano sogno, un fiore meraviglioso sboccia in un grande albero, ma tutto ad un tratto tutti i fiori inziano ad appassire, e da questo posto due fate si allontano. Pochi giorni dopo, prima che si trasferisca alla Meibou Academy, le due fate le appaiono e pregano Tsubomi di diventare la combattente leggendaria Pretty Cure e proteggere il grande albero dei cuori per fare in modo che il fiore del cuore in ogni persona sbocci. Tsubomi pensa di non esserne in grado e rifiuta. Appare improvvisamente un gruppo di nemici, che attaccano e prendono il "seme del cuore" di una nuova compagna di classe, erika. Per salvarla non le rimane altro modo che diventare pretty cure, prende coraggio e si trasforma! Si trasformeranno grazie al "seme delle pretty cure" che verrà dato dagli esserini I nemici si chiamano "gli apostoli del deserto", e come in Yes! Pretty Cure 5 si trasformeranno in insetti, ragno, scorpione e cobra, e si chiamano rispettivamente Kumo-Jacky, Kobu-Roger e Saso-Rina